尼勒克县辖1个镇、9个乡、1个民族乡：尼勒克镇、苏布台乡、喀拉苏乡、加哈乌拉斯台乡、尼勒克乌赞乡、科克浩特浩尔蒙古族乡、乌拉斯台乡、克令乡、喀拉托别乡、胡吉尔台乡、木斯乡。县境内有：阿克塔斯牧场、良繁场、军马场、林场、种蜂场、兵团七十九团。县人民政府驻尼勒克镇。

　　尼勒克镇辖6个社区、4个村委会：第一社区、第二社区、第三社区、第四社区、第五社区、第六社区、加勒克孜铁勒克村、多尔勃勒津村、艾米热买里村、萨热买里村。

　　加哈乌拉斯台乡辖6个村委会：加哈乌拉斯台村、套乌拉斯台村、胡吉尔台村、库斯仁村、阔克阿尕什村、库克拜村。

　　尼勒克乌赞乡辖7个村委会：吐尔克买里村、江阿买里村、兰干买里村、什布克其村、阔勒迭能阔切村、尼勒克乌赞村、塔尔克特村。

　　乌拉斯台乡辖7个村委会：乌拉斯台村、巴音沟村、托格金村、克孜勒塔斯村、阔克铁热克村、阿尔斯郎村、乌拉斯台直属村。

　　克令乡辖6个村委会：克令村、黑山头村、萨尔阿尕什村、克孜勒吐木斯克村、阿依纳巴斯陶村、群吉村。

　　喀拉托别乡辖4个村委会：喀尔沃依村、萨依博依村、阔克托干村、塔斯卓勒村。

　　胡吉尔台乡辖9个村委会：塔斯托干村、铁尔斯托干村、玉什阔灭依村、哈特乌孜尔村、乌兰布鲁克村、吉仁台村、农一村、农二村、索孜木图村。

　　木斯乡辖9个村委会：木斯村、乌吐村、洪尔阿德尔村、阿克吐别克村、托铁村、兴富村、阿克加尔村、巩乃斯牧业村、农业三村。

　　科克浩特浩尔蒙古族乡辖10个村委会：库热村、墩买里村、科克浩特浩尔村、恰勒格尔村、喀什村、什仁托尕依村、托善村、玉什托别村、吉仁台村、恰合那木村。

　　苏布台乡辖4个村委会：克其克苏布台村、尤喀克买里村、博尔博松村、套苏布台村。

　　喀拉苏乡辖8个村委会：喀拉苏村、乔拉克布拉克村、阔孜巴斯村、吐普辛村、加尔托干村、赛普勒村、加林敦勒村、克什喀拉苏村。